崇基學院的禮拜堂
崇基學院的禮拜堂是目前全中國公立大學校園內最早及最大一座獨立自拔的教堂。教堂聖壇兩旁排列前中國（一九五一年前）十三間基督教大學的校徽木刻，是世界上唯一見到這十三間大學的校徽的教堂，見證崇基學院的基督教高等教育的承傳和使命感，如校歌第一節所說：
南天海嵎，四方人士，同興此學府。崇奉基督，勵志篤行，修業勤是務。
漫漫長夜，屹立明燈，使命莫辜負。學成致用，挽救狂瀾，靈光照寰宇。
校牧室服務簡介
(一) 學院週會
週會是校牧室的主要工作，上課期間每星期五之第四節及第五節於禮拜堂舉行。校牧以詩歌、讀經、禱告開始週會，作為學生道德教育及心靈建設，使跟著通識教育的專題講演有一種價值向度。
(二) 信仰輔導
信仰與人生有非常密切的關係，同學及教職員在信仰及生活所遇到的挑戰，都是校牧所關心並樂意提供適切的支持。
(三) 主日崇拜
崇基禮拜堂主日崇拜是向校內人士、校友及社會人士提供的一項宗教服務，逢主日上午十時半舉行，中英雙語。另在節期（如聖誕節）則舉辦特別崇拜活動。主日崇拜設有大學講章，目的在校園中建立信仰與文化對話的語言，引起學生、教職員對信仰的興趣和探索。另一方面，大學講章堅固信徒的信仰周延性和理性依據，在心志上作大人（In Understanding Be Man, 林前 14:20）。
(四) 團契活動
大學有不同的學生團契組織，並舉辦多種宗教活動，校牧室與校內各團契、宿舍細胞小組保持聯絡，並給與支持，但非直接參與活動；各團契按照自己的方式，實現各自的目標。週一至週五借用校牧室設施聚會的計有崇基團契、中大團契、中大學園傳道會、中大基督徒樂隊、中大基督徒詩班等。
(五) 教職員事工
執行牧靈關顧委員會所計劃的午餐講座，學期間每月的第四個星期四中午有午餐崇拜及講座；此外，校牧室亦為有牧靈需要的教職員提供支援。
(六)音樂事工
學期間逢星期一下午一時三十分舉辦二十五分鐘之「午間心靈綠洲」，以洗滌心靈的合唱音樂及器樂作品，為校園內埋首於知識寶庫的老師、同學及公務繁重的各部門職員提供一片使心靈得蒙滋潤的綠洲。此外，亦推動主日學兒童詩班及崇基禮拜堂詩班。禮拜堂內的管風琴是由德國比勒費爾德的 Detlef Kleuker 建造，擁有兩排鍵盤，機械操作。此風琴在學生的演奏訓練和禮儀培訓上乃是不可或缺的一員。
(七) 週年活動
校牧室參與籌辦每年十月底的校慶感恩崇拜及十一月的畢業禮，並每年十二月舉行校園報佳音及其他教會節期及禮拜堂週年活動。
(八) 學生互訪／交流
透過華人大學校牧協會的安排，隔年暑假在香港及台灣兩地輪流舉行港台基督教大學生領袖交流營，一起學習、分享、服事和慶祝。校牧室亦推動同學參與本地聯校基督徒活動，例如香港大專院校聯校祈禱會。
(九) 校史考察與近代著名教會大學尋訪計劃
校牧室及校友組織校史團（前稱「尋根團」），訪問前國內基督教大學校園，二○○二年訪問了福建師範大學（前福建協和大學）、華南女子書院；二○○四年四川大學（前華西協合大學）；二○○五年山東大學（前齊魯大學）；二○○九年北京大學（前燕京大學）; 二○一二年上海理工大學（前滬江大學）、華東政法大學（前聖約翰大學）、浙江大學之江校區（前之江大學）；二○一六年南京大學（前金陵大學）、南京師範大學（前金陵女子大學）、蘇州大學（前東吳大學）、金陵協和神學院；二○一七年華中師範大學（前華中大學）及中山大學嶺南（大學）學院（前嶺南大學）；及二○一九年北京大學（前燕京大學）。
＊二○一八年訪問四川大學（前華西協合大學）之安排由崇基校友會組織安排。
(十) 婚禮
(十一) 位於學院禮拜堂一樓之小禮拜堂，逢星期一至五，上午八時三十分至下午五時（公眾假期除外），開放予大學員生，進行默想及靜默禱告。
學院要求同學尊重校內的基督教禮儀、傳統及自由開放的信仰特徵，學院也同樣尊重各同學的個人宗教信仰。
