崇基學院的禮拜堂是目前全中國公立大學校園唯一獨立自拔的教堂。教堂聖壇兩旁排列前中國(1951年前)十三間基督教大學的校徽木刻,是世界上唯一見到這十三間大學的校徽的教堂,見証崇基學院的基督教高等教育的承傳和使命感,如校歌第一節所說:

南天海嵎,四方人士,同興此學府。
崇奉基督,勵志篤行,修業勤是務。
漫漫長夜,屹立明燈,使命莫辜負。
學成致用,挽救狂瀾,靈光照寰宇。

校牧室主要工作如下:

1. 學院週會—週會是校牧室的主要工作,上課期間每星期五之第四節及第五節於禮拜堂舉行。校牧以詩歌、讀經、禱告開始週會,作為學生道德教育、心靈建設,使跟著通識教育的專題講演有一種價值向度。

2. 信仰輔導—信仰與人生有非常密切的關係,同學及同事在信仰及生活所遇到的挑戰,都是校牧所關心並樂意提供適切的支持。

3. 主日崇拜—崇基禮拜堂主日崇拜是向校內人士及鄰近社區提供崇拜的方便,作為本學院對大學團體及社會人士的一項宗教服務,逢主日上午十時半,中英雙語。另在節期(如聖誕節)均有特別崇拜活動。大學講章目的在校園中建立信仰與文化對話的語言,引起學生、教職員對信仰的興趣和探索。另一方面,大學講章堅固信徒的信仰周延性和理性依據,在心志上作大人(In Understanding Be Man, 林前14:20)。

4. 團契活動—大學有不同的同學團契組織,並舉辦多種宗教活動,校牧室與校內各團契、宿舍細胞小組保持聯絡,並給與支持,但非直接參與活動;各團契按照自己的方式,實現各自的目標。週一至週五借用校牧室設施聚會的計有心理學系團契、基督徒學生運動、中大團契、中醫學院團契、崇基團契、醫科生團契。

5. 週年活動—校牧室負責統籌兩項週年性宗教活動,即每年十月底舉行的校慶感恩節崇拜及十二月初舉行的崇基畢業禮。

6. 教職員基督徒團契—通常每年十月至五月的第二個星期四中午有午餐崇拜及講座。

7. 心靈綠州—學期間每週四(舉行校園基督徒午餐會除外)下午一時十五分至二時,校牧室在教室舉行聖樂欣賞,俾教職員學生心靈有安靜、默想時刻,重新得力。

8. 學生交流—透過華人大學校牧協會的安排,每年暑假在香港、台北、台中、台南輪流舉行港台基督教大學生領袖交流營,一起學習、分享、服事和慶祝。

9. 國際學生會議—校牧室先後在二○○二年(亞洲基督教大學的改變與挑戰)及二○○五年(全球倫理與基督教高等教育)舉辦了兩次國際學生會議,讓來自亞洲不同學生領袖交流經驗,彼此學習。

10. 尋根團—每年校牧室組織尋根團,連同本地及台灣基督教大學,訪問前國內基督教大學校園,二○○二年訪問了福建協和大學(福建師範大學)、華南女子書院;二○○四年華西協和大學(四川大學);二○○五年齊魯大學(山東大學)。

學院要求同學尊重校內的基督教禮儀、傳統及自由開放的信仰特徵,學院也同樣尊重各同學的個人宗教信仰。